PQQ 能夠保護您的腦細胞及其 DNA 不受損傷，這也表明它可以成為預防神經退行性疾病的有力工具。線粒體的 DNA 很容易受到自由基和氧化劑的破壞。人體内的大部分自由基都在線粒體内部産生，也正因為如此，線粒體對自由基的損傷尤為敏感。
自由基是将食物轉化為細胞能量的過程中不可避免的産物，您的食物最終會在線粒體内代謝。研究發現， PQQ 可以預防這一類損傷。它還可以激活線粒體自帶的修複和複制機制。
在大腦内，它産生的實際最終結果是神經功能的全面改善，包括認知、學習和記憶的改善，以及神經退行性疾病的風險降低。研究顯示， PQQ 可通過刺激中樞神經系統中某些膠質細胞的神經生長因子 (NGF) 的合成，來保護和提高神經元的存活率。
研究還發現，它可以改善遭到β-澱粉樣蛋白破壞的腦細胞（阿爾茨海默病的一個标志）的功能，并阻止與帕金森病相關的 α-突觸核蛋白的形成。
根據2012 年的一項研究， PQQ 甚至可以在遭受創傷性腦損傷的情況下，幫助防止神經細胞死亡。該項研究報告的作者表示：“ PQQ 對于創傷性腦損傷後的恢複具有至關重要的作用。”