1、增加線粒體數量，強化功能的作用
線粒體是細胞進行氧化磷酸化産生能量的重要場所，是細胞的動力工廠。機體運動95%以上的能量來源于線粒體提供。 PQQ 可以刺激線粒體的生物合成，使其的數量增加，功能增強，從而提高能量的利用率。 PQQ 可以通過四種途徑調控線粒體：① PQQ 通過調控氧化物酶增殖物激活受體因子的生物合成來增加線粒體的數量和功能。 PQQ 刺激環磷酸腺苷反應結合蛋白調控線粒體的生物合成。 PQQ 通過基因調控和核呼吸因子(NRF)作用，增加線粒體轉錄因子的合成，實現對線粒體的調控。 PQQ 通過在呼吸鍊中的重要角色實現對線粒體的調控。
2、緩解炎症的作用
PQQ 可明顯的抑制炎症反應，保護機體組織。類風濕性關節炎是由于人體免疫細胞将關節細胞誤以為是外來入侵者，進而攻擊關節細胞所引起的。接着人體便會釋放炎症因子和酶，損壞關節軟骨乃至整個關節。類風濕性關節炎的可惡之處在于，不僅會影響關節功能，還會影響身體的其它部位。更嚴重的是，風濕性關節炎還會增加心血管疾病的患病風險。研究表明類風濕性關節炎患者的總體死亡率比普通人群高出40%。研究者發現 PQQ 可以抑制成纖維樣的滑膜細胞釋放炎性因子，同時可以阻止核轉錄因子被激活。同時研究者還發現 PQQ 可以降低特定酶(如基質金屬蛋白酶)的活性，這種酶會分解關節中的Ⅱ型膠原蛋白。一氧化氮是炎症的生物指标之一，其本來具有減少炎症和擴張血管神經的作用，但是在特定情況下，一氧化氮過量會會導緻炎症。該試驗表明 PQQ 還具有減少膠原蛋白分解酶和一氧化氮的作用。
3、神經營養與保護作用
PQQ -營養、保護神經的作用十分突出。神經生長因子(NGF)是中樞及周圍神經元發育、生長、再生和功能特征表達起着重要的調控作用。早期研究發現 PQQ 能夠促進NGF的生成。 PQQ 能夠促進許旺細胞合成和分泌NGF，說明 PQQ 這種作用發生在轉錄前水平。 PQQ 能顯著減少神經行為缺陷和梗死範圍，這預示 PQQ 在防治中風方面具有潛在價值。 PQQ 抑制氧化應激導緻神經元死亡的作用機理與提高腦内DJ-1還原态蛋白水平有關。 PQQ 還可以調節線粒體發生和氧化代謝，進而調控細胞的分化增殖和死亡。 PQQ 有望作為神經營養保護藥，在帕金森症，阿爾茨海默病等退行性神經病變中發揮價值。
4、增強代謝，提升免疫力的作用
PQQ 能刺激人體細胞的生長，尤其是激活人體B細胞、T細胞，使之産生抗體，提高人體免疫功能。 PQQ 可以減少疲勞感，減輕焦慮，降低LDL膽固醇水平，提高睡眠質量，延長睡眠時間。
5、 PQQ 對心髒的保護作用
PQQ 對心髒的保護作用主要通過抑制心肌細胞高活性反應分子性氧簇(ROS)的産生和線粒體膜電位的降低來減少心肌細胞的死亡。研究發現， PQQ 清除自由基的能力是維生素C的50～100倍，是目前發現的抗氧化能力最強的物質。大量生理實驗表明， PQQ 能夠保護心髒免受缺氧缺血造成的損傷。
PQQ 的補充劑量
關于 PQQ 的一個問題是什麼是有效劑量?具體來說，如果 PQQ 的營養需求每天低于500微克，為什麼推薦的劑量是10到20毫克? 為了測量成年動物線粒體功能的反應，就需要提供更多的 PQQ ，就像為什麼隻有8到15毫克的維生素C可以預防壞血病的明顯症狀一樣，目前推薦的膳食攝入量是每天75到90毫克(成年人，不包括孕婦和哺乳期婦女)，以達到最佳的功能，臨床應用甚至需要更高的劑量。
目前推薦每天服用10到20毫克的 PQQ ，這是基于動物體内相同劑量的 PQQ 。 PQQ 一直在改善各種線粒體功能。也有一些臨床和觀察性研究證明了該劑量的合理性，特别是20毫克的增強記憶的劑量。
PQQ 是許多重要細胞反應的氧化還原輔因子，它是某些酶起作用所必需的，它還被證明可以改善線粒體功能，是一種非常強大的抗氧化劑。