PQQ 具有高度的熱穩定性。在中性和弱酸性條件下， PQQ 脫去酸性基團羟基上的氫成為陰離子，能與許多化合物形成加合物，如水、硼酸、醇、醛、酮、氨、胺、脈、氰化物，苯等。
PQQ 是親電化合物，有5個位點，能與羟基反應形成穩定的化合物，也能與氨反應産生亞氨基醌。 PQQ 通過與Ca2+或Mg2+形成非共價配位鍵連接于酶蛋白上，參與電子在醌酶内的傳遞，協助醌酶完成特定的催化作用。 PQQ 化學結構中的鄰位醌和3個羧基是重要的功能基團。
PQQ 作為一種主動運輸的有機陰離子，集中在細胞中。在細胞中， PQQ 醌酶的天然電子受體是CoQ10或細胞色素。 PQQ 作為輔助因子，在不同的醌類酶中的電子傳遞的機理都非常的相似，醇脫氫酶在電子傳遞過程中，首先電子會從甲醇傳遞到 PQQ 的第五位碳原子上，讓 PQQ 變成 PQQ H2還原型， PQQ H2再将電子傳遞給細胞色素C。
PQQ 能神奇地完成20000次氧化還原循環反應
PQQ 根據結合電子和質子不同存在醌型（氧化型 PQQ ），半醌型（ PQQ .H)和氫醌型（還原型 PQQ H2）。這三種類型可以通過電子和質子的轉移相互轉化，并且和很多親核物質如氨基酸等發生加成反應形成咪唑衍生物IPQ和惡唑衍生物OPQ。 PQQ H2和 PQQ .H在氧氣中很容易被氧化成 PQQ ，生産H2O2.
PQQ 獨特的分子結構使其兼具了維生素C（還原電勢），核黃素（氧化還原反應）和吡哆醛（羰基活性）的理化優勢，并且比維生素C，甲萘醌和所有的異黃酮類，多酚化合物的氧化還原電勢都高出至少100倍以上。
氧化還原反應體系能夠反複催化氧化還原反應，其催化次數部分取決于催化分子的化學穩定性。 PQQ 是一種小醌分子，化學結構相對比較穩定，而很多生物活性醌類或烯二醇類（如維生素C）則由于自身氧化，多聚化和化學結構的變化不夠穩定。穩定的化學結構和較高的氧化還原電勢使 PQQ 成為迄今為止催化氧化還原反應能力最強的生物活性分子。
PQQ 催化氧化還原反應的次數高達20000次，遠高于維生素C的4次，是維生素C的5000倍。