自由基是機體氧化反應中産生的一類化合物，具有強氧化性，一旦在體内積累就會損傷組織和細胞，進而引起慢性疾病和衰老效應。異常高的氧化還原再循環能力使 PQQ 最重要的作用就是清除自由基。
生物體内活性氧（ROS)自由基的積累會引起機體衰老從而引發各種疾病，包括癌症、心血管疾病等。
人體内有内源性抗氧化系統維持着自身自由基的平衡，SOD(超氧化物歧化酶）、CAT（過氧化氫酶）、GSH（谷胱甘肽）的抗氧化酶系是互相協調，維持着機體正常運轉。由于環境惡化和飲食作息不規律，導緻人體自由基平衡被打破，有害物質積累愈發嚴重。
PQQ 作為氧化還原的輔酶，其特殊的醌型結構可以調節内源性抗氧化物的底物平衡，加快抗氧化物的回收再利用，高效緩解機體氧化損傷。
1. PQQ 可催化氧和自由基相互轉化，幫助機體維持自由基平衡。可以清除過氧化物，羟基，氧自由基等活性氧，并在溶液裡與它們形成穩定的化合物。
2. PQQ 作為非共價結合輔基與SOD協同結合消耗氧自由基，抑制超氧陰離子自由基對細胞的傷害。
3. PQQ 通過加速“NAD+NADH”的反應，将被利用後的氧化型谷胱甘肽（GSSG)更快遞轉化為還原型谷胱甘肽（GSH)，保持體内氧化應激系統快速反應。
4. PQQ 具有激活細胞氧化應激保護機制的能力，激活細胞内抗氧化通路。當NRF2和NRF1通路被激活時，細胞線粒體将提供更多的能量，并恢複細胞防禦機制。自身的抗氧化劑SOD(超氧化物歧化酶），NAD+會以更高的水平釋放出來。氧化應激會平均降低，能更好地抵抗疾病。