PQQ 與水溶性B族維生素有些類似，廣泛存在于自然界中，大部分的食品中也都存在，含量較低，約在3.65-61.0ng/g之間。
有研究發現，人體内髒、睾丸和體液中都存在 PQQ ，脾髒含量最高，達到5.9 ng/g，在母乳中的含量約在140-180ng/mL之間，比一般食物含量多幾十倍，說明該物質對新生嬰幼兒的生長發育可能起到至關重要的作用。
而在發酵豆制品中可高達61ng/g;在谷物、雞蛋、蔬菜、乳品、水果等常見食品中的含量為3.65-34.20ng/g，該研究說明 PQQ 是一種對新生動物健康至關重要的膳食營養素。
同時大量的小鼠實驗研究也發現， PQQ 的缺乏會導緻小鼠繁殖能力低下等現象，故而有學者推測它同樣對人類也有類似的影響。現在還不能證明高等生物能自身合成 PQQ ，因此認為高等生物體内的 PQQ 是來源于微生物，而不同微生物的 PQQ 分泌量從1 pg/mL~1mg/mL。
PQQ 最早是在革蘭氏陰性菌中被發現，最初的來源也可能是革蘭氏陰性菌利用谷氨酸和酪氨酸為底物發酵而成的。目前并未發現可靠的證據可以證實哺乳動物能夠自身合成 PQQ ，但在動物體内卻存在一定劑量的 PQQ ，其食物來源可能是哺乳動物體内 PQQ 的主要來源，也有可能是唯一來源。動物和人類腸道中的微生物都不能合成 PQQ 或合成量極少，這根本無法滿足身體的營養需要。人類和動物隻能通過飲食或膳食補充劑途徑來獲取 PQQ 。